Na skutek nowelizacji przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych Spółka komandytowo-akcyjna (SKA) z dniem 01.01.2014 stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych (CIT). Z tego powodu wiele podmiotów może w przyszłości rozważać zmianę formy prawnej prowadzonej działalności, np. poprzez dokonanie przekształcenia SKA w spółkę osobową, której dochody podlegają opodatkowaniu jedynie na poziomie wspólników. Przekształcenie to może nie być jednak neutralne podatkowo. Skutki podatkowe takiego zdarzenia uzależnione są od tego, czy SKA  posiada niepodzielone zyski z lat ubiegłych oraz zyski przekazane na inne kapitały niż kapitał zakładowy spółki oraz czy i ewentualnie w jakim zakresie dokonywała ona w przeszłości wypłat zysku na rzecz swoich wspólników.

Zgodnie z przepisami obowiązującymi od 01.01.2014 wartość niepodzielonych zysków spółki komandytowo-akcyjnej na dzień jej przekształcenia w spółkę osobową w podlega opodatkowaniu na zasadach analogicznych do opodatkowania wypłaty dywidendy (w części przypadającej na akcjonariuszy będących osobami fizycznymi zryczałtowany podatek wynosi co do zasady 19%).  

Przepisy te należy stosować przy uwzględnieniu przepisów przejściowych, które regulują m.in. zasady traktowania niepodzielonego zysku SKA na dzień przekształcenia w spółkę osobową, wypracowanego jeszcze w okresie, kiedy SKA nie była traktowana jako podatnik CIT. Na mocy przepisów przejściowych opodatkowaniu na dzień przekształcenia SKA w spółkę osobową nie podlegają niepodzielone zyski z lat ubiegłych SKA oraz zyski ujęte na kapitałach innych niż zakładowe, wypracowane przed dniem, w którym SKA stała się podatnikiem CIT, w części przypadającej na udział w zysku komplementariusza. Opodatkowaniu podlega natomiast zysk SKA wypracowany przed dniem, w którym spółka stała się podatnikiem CIT, w części przypadającej na udział w zysku akcjonariuszy. Literalne brzmienie przepisów przejściowych dopuszcza, aby akcjonariusz od tak ustalonego dochodu na dzień przekształcenia odliczył wydatki na nabycie akcji w SKA oraz ewentualnie opodatkowaną na poziomie akcjonariusza przed dniem przekształcenia nadwyżkę przychodów nad kosztami ich uzyskania.

Przepisy przejściowe zostały wprowadzone w celu opodatkowania dochodu SKA, wypracowanego w okresie, kiedy SKA nie była traktowana jak podatnik CIT, w części przypadającej na akcjonariuszy, który w przypadku braku wypłat dywidend w ogóle nie był opodatkowany. Ustawodawca postanowił, iż SKA jako płatnik będzie zobowiązana do poboru podatku od dochodu wypracowanego w okresie, kiedy SKA nie była traktowana jako podatnik CIT, na dzień przekształcenia w spółkę osobową. Tym samym przy planowaniu restrukturyzacji podlegającej na przekształceniu SKA w spółkę osobą należy uwzględnić, iż operacja ta może być związana z obciążeniami podatkowymi w wysokości podatku należnego od niepodzielonego zysku lub zysku ujętego w kapitałach takiej spółki sprzed dnia, w którym spółka stała się podatnikiem podatku dochodowego (w części przypadającej na akcjonariuszy).

Osobną kwestią jest opodatkowanie niepodzielonych zysków wypracowanych przez SKA po dniu, w którym SKA stała się podatnikiem CIT. Przekształcenie SKA w spółkę osobową może wiązać się również z koniecznością opodatkowania dochodu (przychodu), osiągniętego po tym dniu przez wspólników. Zasady i sposób opodatkowania takiego dochodu są zależne od statusu wspólnika. Jeżeli akcjonariuszem jest osoba fizyczna, stawka zryczałtowanego podatku wynosi 19 %. Jeżeli akcjonariuszem jest np. spółka kapitałowa, to dochód na dzień przekształcenia może zostać zwolniony z opodatkowania na zasadach określonych w art. 22 ust. 4 ustawy o CIT (m.in. przy spełnieniu warunku posiadania akcji przez min. 2 lata w wysokości nie mniejszej niż 10%). W przypadku komplementariusza stawka podatku również wynosi 19%, jednakże wartość podatku obliczona według tej stawki zostaje pomniejszona o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału w zysku komplementariusza oraz  podatku należnego od dochodu tej spółki. Poprzez wprowadzenia tego mechanizmu zaliczenia podatku dochód SKA w części przypadającej na komplementariusza pozostanie efektywnie opodatkowany jednokrotnie (tj. tak jak przed zmianą przepisów włączających SKA w krąg podatników CIT).

Tytułem uzupełnienia należy podkreślić, iż SKA posiadające rok podatkowy inny niż rok kalendarzowy zachowały prawo do stosowania nowych przepisów odnośnie włączenia SKA do kategorii podatników CIT począwszy od pierwszego roku podatkowego SKA rozpoczynającego się po wejściu w życie przepisów, na mocy których SKA stały się podatnikami podatku CIT (tj. po 1.01.2014 r.). Tym samym spółka SKA, której rok podatkowy np. rozpoczął się 1.12.2013 a kończy się 30.11.2014 r. stała się podatnikiem CIT dopiero od 1.12.2014 r.